本院神經外科發展很早。早期以腦外傷、腦中風及脊椎手術為主。民國 79 年開始發展顯微手術處理腦瘤及腦內動脈瘤手術。醫師群均在 40 至 50歲之壯年期，資歷均在 10 年以上，而且活力充沛。主治醫師資歷均在 15 年以上. 對腦部及脊椎手術都有充實的經驗。
目前澄清醫院設有神經外科加護病房、一般病房、神經外科手術室。加護病房有專職主治醫師。配合之相關科別也相當齊全。神經內科是評鑑通過之神經內科專科醫師訓練中心。放射診斷科配有數位血管攝影，除檢查診斷外，也可從事栓塞等的介入性治療。除了基本的核磁共振攝影外。放射腫瘤科則經由光子刀、多葉形及快活刀等定位性放射治療，可治療惡性腦瘤，深部腦瘤及動靜脈畸形。手術房配有顯微鏡，內視鏡，雷射，立體定位儀，可從事動脈瘤，深部腦瘤以及微創之脊椎手術。
